学说在混元功、中医理论体系中是贯串于各方面的指导性理论之一，各项理论都离不开阴阳，在医书中常常可以碰到有关阴阳的术语，如：阴液、阳气、肾阴、肝阳、阴虚、阳亢、阴邪、阳邪、阴证、阳证、补阴、补阳……等等。如不懂得阴阳学说，整个中医理论体系便无法理解和掌握。
        阴阳学说，就是用阴阳来解释宇宙一切事物的学说，古人认为：阴和阳是代表互相对立而又统一的两个概念，任何互相对立而又统一的概念都可以用阴阳来代表，具体来说：阴阳可以用来代表互相对立的物质、性质、部位、状态、运动以及形状、时间、方向……等等。代表物质的如：水和火、血和气；代表性质的如：强弱、寒热、轻重等；代表部位的如：内、外、上、下等；代表状态的如：动静、快慢等；代表运动的如：上升、下降、化气、成形等。其中必有一方属阴，一方属阳。
无论任何互相对立而又统一的事物都可以有阴阳来代表。由于宇宙间一切事物都是对立的整体，因而阴阳学说可以用来解释宇宙间的一切事物。
        在相互对立的事物中，哪一方面属阴，哪一方面属阳，也有着一定的规律，不论任何事物属阴或属阳就决定于事物本身内在的特性。事物分属阴阳的规律，大致来说凡是具有热的、动的、兴奋的、强壮的、明亮的、无形的、轻的、在上的、在外的、向上的、向外的、增长的、积极的……等等特性的事物都属于阳。与此相对，凡是具有寒冷的、静的、抑制的、虚弱的、昏暗的、有形的、重的、在下的、在内的、向下的、向内的、减退的、消极的……等等事物都属于阴。
        不过事物内在的特性是多方面的，因而阴和阳的判别也不是绝对的，所以不能固定机械的来看，同一样东西和这一事物配对时属阴，和另一事物配对时又可以属阳，例如：拿胸和背来说，胸属阴而背属阳，但胸和腹配对时，则胸在上属阳，腹在下属阴。因为前者是说明其胸背问题，后者说明其上下问题。对比的情况不同，因而就可能有不同的属性，其次一个属阳的东西并不等于其中的所有的一切都属于阳，在属阴的东西中可以再分出阴阳来。以脏腑为例，脏属阴而腑属阳，肾为阴的五脏之一，但肾又可分为肾阴和肾阳两部分，肾阴就称为“阴中之阴”；肾阳就称为“阴中之阳”。胃为属阳的六腑之一，也包括了胃阴（即阳中之阴）和阳（即阳中之阳），这就是所说的“阴中有阳，阳中有阴”的意思。另外，阴和阳又是互相依存的，没有阴就无所谓阳，没有阳也无所谓阴。古人称这种关系为“孤阴不生，独阳不长”。所有这一切，都说明了阴阳对立不是绝对的，而是相对的。
        阴阳之间还有互为消长的关系，也就是说阴衰弱时，相对的会表现出阳强的现象，阳衰弱时，相对的也会表现出阴盛的现象，即阴和阳所代表的是两个互相对立而又统一的概念，并不是固定的指某两种东西，而是可以代表一切相对立而又统一的概念，这一点和“矛盾”存在于一切事物中的概念是近似的。
        混元功法在生理、病理、病因、证候、诊断、治疗等各方面都运用着阴阳学说，总的来说，凡是身体各方面的阴和阳都能保持平衡者，就是健康的人。人之所以得病，是由于各种病因使体内的阴阳失去了平衡，形成偏胜的局面所致，不平衡的原因是十分复杂的，不论是中医治法和混元功疗法都是驱除病邪，扶养正气，最终目的都是调和阴阳，使之平衡而恢复健康。