五行学说是古人作为解释事物之间的相互关系及运动变化规律的说理工具。五行就是金、木、水、火、土；五行“行”含有“运行”、“运动”的意思。古人运用五行之间的相互资生，相互制约的关系来解释事物运动变化的发展规律及其相互联系，在医学上根据五行相生相克，亢害承制的规律具体地来阐明自然环境对人体的影响和人体生理病理的变化，特别是脏器组织之间的相互关系等，它与阴阳学说相互印证，相互补充，成为祖国医学的理论核心。
        五行学说在混元功法理论、中医理论体系中有很重要的地位。它贯串于生理、病理、诊断、病因、证候、治疗等各方面指导性理论，至于五行学说的应用《素问骨空论》指出：调其阴阳，不足则补，有余则泻，是治病的基本原则。混元功法根据这一法则，在实践中也体现了手法运用上的补、泻作用，一般来说，以缓推为补，急推为泻。又《素问至真要大论》中说：谨守病机，各司其属，有者求之，无者求之，盛者责之，虚者责之，必先五脏，疏其血气，令其通达，而致和平。例如：小儿肺经虚证，有咳嗽、气短、汗多、面色苍白等症状。除补肺经外，按“虚则补其母”的原则，往往运用推脾经的手法来补脾，反之，如果咳嗽、胸满或咽喉疼痛等症状，属于肺经实证，除泻肺经外，常须推肾经，肾属水，肺属金，水为金之子，所谓“母病及子，子母同治”。
在医书、混元功中五行生克的术语，也是非常常见的，如：木克土，培土生金，水亏木旺，土不制水，水火既济，金水相生，木郁化火……等。混元功法的理论体系，离开了五行学说也是不能成立的。
        最初，人们以五行代表五种物质来解释万物的构成，以后逐渐偏重于彼此间的联系，（相生、相克、制化关系）。而逐渐发展成为一种推演、说理的逻辑方法，用来解释宇宙间万物的复杂的发展变化。
1、 相生关系
        “生”含有资生助长的意思，也可以理解为推动发展作用，五行之间有一种单方向的资生助长作用，形成一个循环，也就是说：木生火，火生土，土生金，金生水，水生木。在中医书中有一个很好的通俗的比喻，帮助我们理解相生关系，它们常把相生关系称为“母子关系”。拿火生土来说，火就是母，土就是子。五行中任何一行，都有“生我”的母及“我生”的子两者，以土为例：火生土，土生金；火为土之母，金为土之子。换句话来说，就是火生我，我生金，其余四行依此类推。
相生关系是单方向性的，只有火生土的关系，没有土生火的关系，也就是只有顺生，没有反生。
2、 相克关系
        “克”含有克制、损害和约束的意思，五行之间也有一种单方向性克制的作用，也形成了一个循环；如：木克土，土克水，水克火，火克金，金克木。
        相克关系，也有“克我”以及“我克”两方面，再以土为例：木克土，土克水，也就是“木克我，我克水”，其余四行也以此类推。
        基本上相克关系也是单方向性的，如土克水，水克火……等，但在病理的情况下，当双方力量的对比发生改变的时候，可以形成“反克”，比如：水也能反克土，木也能反克金，不象相生关系那样比较严格的单方向性。
3、 制化关系
        相生相克不是截然分开的两回事，它们是密切联系在一起的，因此这两种关系经常是结合起来说明问题的，比如：火生土克水。火能生土，土又能克水，这样火通过“生土”可以反克水，这种间接的，综合性的生克作用就称为制化关系。
五行之间关系十分密切，其中每一行和其余四行都有关系，不是生我，就是我生；不是克我，就是我克；如以土为例：（1）土被火所生；（2）土能生金；（3）土被木所克；（4）土能克水。就这样，五行本身就构成了一个整体，一行有病，可以波及其它任何一行。虽然相生相克都是单方向性的，但是由于有了这些多方面的联系，混元功法在治疗中，就能够用以解释各种复杂的病理现象。